Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) merupakan salah satu fakultas di Universitas Negeri Jakarta (UNJ) yang memiliki tugas, wewenang dan tanggungjawab dalam menyelenggarakan pendidikan dan pengembangan ilmu bidang MIPA dan pendidikan MIPA. FMIPA UNJ lahir pada tahun 1999 berdasarkan Surat Keputusan Presiden (Keppres) Nomor 093/1999 tanggal 4 Agustus 1999, dan peresmiannya dilaksanakan oleh Presiden Republik Indonesia pada tanggal 31 Agustus 1999 di Istana Negara. Lahirnya FMIPA UNJ diawali dengan perubahan Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) Jakarta menjadi UNJ pada tahun yang sama.

IKIP Jakarta dalam sejarah awalnya merupakan transformasi dan peleburan Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP), Universitas Indonesia (UI), Institut Pendidikan Guru (IPG) dan perangkat serta sistem pendidikan lainya berdasarkan Surat Keputusan Presiden RI Nomor 1 tahun 1963 tanggal 16 Mei 1963.

Perubahan IKIP Jakarta menjadi UNJ diikuti dengan perubahan Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FPMIPA) menjadi FMIPA yang mengelola Program Studi jenjang sarjana (S1) pendidikan dan non-pendidikan meliputi Program Studi: Pendidikan Matematika, Matematika, Pendidikan Fisika, Fisika, Pendidikan Kimia, Kimia, Pendidikan Biologi dan Biologi.

Pada tahun 2012, FMIPA UNJ mendapat mandat untuk mengelola, melaksanakan dan mengembangkan bidang ilmu pendidikan lanjut jenjang Magister (S2) berdasarkan Surat Keputusan (SK) Dirjen Dikti No. 2244/E1.3/HK/2012 tertanggal 9 November 2012. Program Studi Magister FMIPA UNJ meliputi Program Studi: Magister Pendidikan Matematika, Magister Pendidikan Fisika, Magister Pendidikan Kimia dan Magister Pendidikan Biologi.

Selanjutnya pada tahun 2013, FMIPA UNJ juga diberi mandat untuk mengelola Program Studi Ilmu Komputer berdasarkan SK Dirjen Dikti No 82/E/O/2013 dengan ijin penyelenggaraan No. 138/KPT/I/2016 bersamaan dengan ijin penyelenggaraan Program Studi Statistika dari Dirjen Dikti No 52/KPT/I/2016.